W 1863 Beato przeniósł się do Jokohamy, Japonia, przyłączając się do Charlesa Wirgmana, który żył w tym miejscu od chwili 1861. Stworzyli oni spółkę nazwaną "Beato & Wirgman, Artists and Photographers" działającą do wnętrza latach 1864–1867. Wirgman znowu produkował ilustracje inspirowane zdjęciami Beato, w trakcie jak Beato fotografował niektóre szkice oraz inne prace Wirgmana. Japońskie fotografie Beato to w zasadzie portrety, zdjęcia rodzajowe, krajobrazy, miasta, sekwencja fotografii dokumentujących scenerię także okolica ulubiony Tōkaidō oraz ciąg ukazująca ukiyo-e Andou Hiroshige'a oraz Katsushiki Hokusai. Zdjęcia zrobione w środku tym czasie są cenne, bo zostały wtedy wprowadzone na wskroś Siogunat restrykcje dotyczące wjazdu obcokrajowców do kraju. Fotografie Beato są godne uwagi nie ostatnim tchem ze względu na ich jakość, jednakże również z powodu rzadkości przedstawień Japonii z czasów epoki Edo
W Japonii Beato był niezwykle obrotny zawodowo. We wrześniu 1864 został oficjalnym fotografem wyprawy wojennej do Shimonoseki. Następnego roku zrobił wiele zdjęć Nagasaki również jego okolic. Od 1866 był nieraz karykaturowany (uprzejmie) w środku Japan Punch – piśmie stworzonym również redagowanym na wskroś Wirgmana. W październiku 1866 w ciągu pożaru, który strawił dużą proporcja Jokohamy Beato stracił swoje studio plus negatywy. Przez następne dwójka lata pracował energicznie, żeby odtworzyć zgubiony materiał. Skutkiem tego są dwójka albumy fotografii – "Native Types" zawierające 100 portretów również zdjęć rodzajowych, zaś ponadto "Views of Japan" zawierające 98 krajobrazów dodatkowo zdjęć miast. Wiele z tych fotografii było ręcznie malowanych, technikę tę stosowano dodatkowo ulepszano w środku studiu Beato z dużymi sukcesami, wykorzystując do tego japońskie sztuki malowania akwarelami plus zbyt pomocą grawerowanych drewienek, japońskiego odpowiednika drzeworytu. Od 1869 do 1877 Beato, nie pracujący wprzódy z Wirgmanem, otworzył własne studio do wnętrza Jokohamie, nazwane "F. Beato & Co., Photographers", jak jeden mąż z asystentem H. Woolettem, czterema japońskimi fotografami również czterema japońskimi artystami. Jednym z pomocników Beato był może Kusakabe Kimbei, który z kolei zaczął wykonywać pracę samodzielnie. Beato współpracował z Ueno Hikomą plus innymi fotografami również istnieć prawdopodobnie robił zdjęcia Barona Raimunda von Stillfried.
W 1871 Beato pracował jak urzędowy fotografik ekspedycji Stanów Zjednoczonych do Korei, dowodzonej wskroś Admirała Rodgersa. Zdjęcia zrobione wskroś Beato na przestrzeni wyprawy są pierwszymi fotografiami przedstawiającymi ten państwo dodatkowo jego mieszkańców.
W Japonii Beato nie ograniczał swojej aktywności zaledwie do fotografii, aliści ponadto zajmował się interesami. Posiadał nieco studiów fotograficznych, był konsultantem nieruchomości, prowadził transakcje do wnętrza Grand Hotelu do wnętrza Jokohamie, był sprzedawcą importowanych dywanów również damskich torebek, tudzież ponadto innych towarów. Pojawiał się ponadto od czasu do czasu w środku sądach, zarówno w charakterze obserwator także oskarżyciel, w charakterze również pozwany. 6 sierpnia 1873 Beato został konsulem generalnym Grecji w środku Japonii, przypadkiem z powodu swojego pochodzenia.
W 1877 Beato sprzedał większość swoich udziałów firmie Stillfried & Andersen, która niezadługo od tego czasu zajęła jego studio. W 1885 Stillfried & Andersen sprzedała udziały Adolfu Farsari. Po dobiciu targu z Stillfried & Andersen, Beato najwidoczniej zawiesił na parę lat swoją realizacja fotograficzną, koncentrując się na swojej równoległej karierze jak spekulanta finansowego również kupca. 29 listopada 1884 Beato opuścił Japonię, lądując nareszcie wewnątrz Port Said, wewnątrz Egipcie. W japońskiej gazecie pisano wewnątrz tym czasie, że stracił wszystkie swoje pieniądze na wymianie srebra.